简介

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput Sequencing) 是使用高通量测序对 Tn5 转座酶可接近的核染色质区域进行测序分析的一种研究技术。该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发，2013 年首次发表在 Nature Methods (Buenrostro et al., 2013)。通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割，获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。

ATAC-seq 技术可以进行样本之间差异的染色质开放位点的比较，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式，与样本基因表达谱紧密相连，从靶标基因的表观状态关联到表达水平，具有强大的数据挖掘作用。此外，通过关联基因组、外显子，染色质免疫共沉淀（组蛋白修饰或转录因子结合）测序信息，形成表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。

项目优势

• 灵敏性高：低细胞起始量（500-50000个）；
• 操作简单：两步法，耗时短；
• 实验重复性好：技术重复间表现出非常好的可重复性( R = 0.98)，并与DHs测序数据间也有着较好的一致性(R＞79)；
• 能同时揭示开放染色质的基因组位置，DNA结合蛋白，转录结合位点的相互作用。

技术路线

• 单细胞悬液制备
• 转座反应与纯化
• PCR扩增
• 定量与质控
• illumina平台测序

数据分析

服务周期

45天

结果展示

使用 R 包 ATACseqQC绘制样本的插入片段长度统计图，根据图中插入片段长度的富集位置可以初步评估文库质量。

根据比对结果，使用 deeptools[8] 软件绘制测序数据在 TSS ± 3Kb 附近的信号强度。