简介

染色质免疫共沉淀技术（CHIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点以及组蛋白特异性修饰位点的研究。结合CHIP与NGS的ChIP-Seq技术是一种高效的检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子结合的DNA区段的技术。

我们的优势

• 丰富的经验，成熟的实验流程，可靠的数据保障；
• 多种测序平台，灵活应用，优势互补；
• 不断更新的分析流程与程序，根据客户具体研究目的进行个性化分析和诊断，在分析的过程中进行有效的整改，从而进行最有效的分析，获得理想的数据结果，告别批量生成模板数据，并且可以结合具体的要求进行定制分析。

技术路线

• CHIP富集的DNA及input 对照DNA
• DNA片段末端修复
• 3’端加A碱基
• 加测序接头
• PCR扩增
• 凝胶纯化获得目的片段大小ChIP-Seq DNA文库
• 上机测序
• 数据分析

服务周期

45天

应用案例

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions

Motif分析：分析蛋白结合序列的偏好性，包括de novo motif与known motif

相关基因GO,KEGG富集分析：Peaks相关基因Gene Ontology功能分类、KEGG富集分析；

Stogram

样本间Peak相关性与差异性分析：多样本时，比较分析样本间相关性、Overlap情况，如比较在Knock down、Knock out等前后， DNA/RNA与蛋白质结合情况

与转录组关联分析：Knockdown/out前后RNAseq中表达量前后降低与ChIPseq中调节Peaks的共同基因；寻找在RNAseq中离ChIPseq中Peaks最近的基因；